Как правильно делать?

Здравствуйте! Вообще, каждый организм чувствует свои потребности. Если ребенок спит, значит, это его потребность в настоящее время. Так что с этих позиций Вы вмешиваетесь в физиологический процесс. С другой стороны, Вы лучше всех знаете своего ребенка. И если Вы понимаете, что разбуженный ребенок будет лучше спать ночью, значит, будите.