ОРВИ, кашель, отит, антибиотики и проблемы с кишечником в 2 месячном возрасте :(

В общем, жесть у нас, нервов уже нет, так что просто опишу ситуацию.. Заболел маленький неделю назад, все же подхватил вирус от дочки, как я ни пыталась это предотвратить - началось с кашля(кашель сразу был ужасный)-горла, на 3 день сопли, на 4 день отит и антибиотики... Сегодня 4 день приема антибиотиков, ушко уже хорошо, соплей меньше, горло прошло, а вот кашель стал как будто хуже - точнее чаще, кашляет очень много и очень много откашливает (влажный кашель), прямо захлебывается бедный малыш мокротой. Почему так? Это хорошо (что откашливается) или плохо (что так много мокроты и меньше не становится)? Сироп от кашля уже не даю (прописали на 3-4 дня, давала 6 дней). И теперь полный кошмар с животиком (ну это и понятно после антибиотиков). Врач назначала только линекс, его и даю, но эффекта нет - какает часто, жидко, понос, со слизью, зеленью, непереваренными комочками - в общем ужас, животик болит. Чем и как теперь восстанавливать микрофлору? И вообще, кто давал антибиотики таким крошкам - какие последствия, как все обошлось? Врач ничего нового точно не скажет..