В чем причина пониженного прогестерона?

вторая фаза начинается после О. Не было О - значит нет и второй фазы, а все еще продолжается первая.

В этом скорее и причина, так как одна из функций ЖТ, образующегося на месте ДФ после О, секреция прогестерона, который подготавливает Э к имплантации.