я плачу за муниципальное жилье в котором никто не прописан.могу ли я туда теперь прописаться

С юридической точки зрения, Вы просто захватили муниципальное жилье. Зарегистрироваться Вы туда можете только с согласия собственника - муниципалитета.

Срок давности в данном случае не работает, т,к. собственник известен и именно он владеет имуществом.

А как вы платите за жилье, если соц.найм вообще не оформлен? Получается, что вы его самовольно заняли? Прописка с разрешения муниципалитета делается.

Только регистрация с согласия собственника

Нет не можете. Только с согласия собственника. Т.е. Муниципалитета