в каком объеме компенсировать затраты на ремонт авто?

Добрый день! Ситуация такая - есть государственное учреждение, руководитель лично ездил на государственном авто. В феврале 2013 года он совершил ДТП, он же признан виновным. На момент ДТП у машины не был пройден техосмотр, соответственно выплаты по страховке отпадают. 

Дальше хуже - с апреля руководитель отстранен от должности по решению суда и далее был отправлен в СИЗО, в июле волевым решением учредителя машину заставили ремонтировать за счет учреждения. Новые запчасти обошлись в 60 000 рублей + ремонт 130 000 = 190 000 рублей. Оценщик с учетом износа запчастей определяет сумму ущерба в 163 000 рублей. 

Дальше вопросы: 1) есть ли смысл разговаривать с оценщиком и решать вопрос об увеличении стоимости ущерба (например, по акту оценки стоимость кузовных работ определена около 30 тысяч, на деле почти 80 000)?

2) если оценщик откажется, на какую сумму можно выставлять иск - на сумму оценки или сумму реального  восстановления (договоры, счета-фактуры, заказ-наряды, акты выполненных работы - все имеется)?

3) на руководителя возбуждено уголовное дело по ч.3 ст.159, 286, 292 УК РФ. Может ли учреждение в рамках уголовного дела подать гражданский иск о возмещении ущерба (опять же в какой сумме - сумме оценки или реального ремонта)?