Если коротко:
до решения Верховного суда от 17.02.2015 Генеральная прокуратура при обращении была почти всегда на стороне родителей и большинство случаев удавалось решить в пользу семьи,
сейчас смысла писать заявления в школу/сад/прокуратуру по старым образцам, представленным в Интернете, нет никакого смысла, поскольку в ответе теперь чиновники руководствуются решением Верховного суда (и оно не в пользу родителей),
единственное, что можно попробовать, зная, что все равно шанс примерно 70-80%, - это обратиться за помощью к Уполномоченному по правам ребенка в вашем городе или напрямую Павлу Астахову, он не только высказался в защиту, но и подготовил письмо для своих коллег:
2 марта 2016 г. Уполномоченный при Президенте РФ по правам ребенка Павел Астахов направил всем региональным подведомственным структурам письмо, в котором разъяснил незаконность отстранений детей от образовательного процесса из-за отсутствия прививок или туберкулинодиагностики. Астахов направил также соответствующее письмо и Президенту РФ В.В. Путину.
еще дин вариант, можно попробовать получить справку у фтизиатра без ребенка (о том, что на учете в тубдиспансере не стоит). 
Прежде, чем начать войну с поликлиникой и школой, вооружившись статьями и рекомендациями из Интернета, важно понимать, что у всего есть цена: если вы решили воспользоваться бесплатными государственными образовательными услугами и не готовы на «детский сад на дому» и семейное обучение - то должны придется следовать принятым правилам, в данном случае Санитарным. Если бы закон запрещал домашнее образование и делал посещение детского сада обязательным - тогда да, при отстранении ребенка от занятий - было бы бесспорным нарушение его конституционного права и тогда вышеупомянутое решение Верховного суда можно было бы легко оспорить.
Обновленная инструкция
составлена одним из наших правовых экспертов Анной Богоносцевой, руководителем юридического центра «Мое право»
Каждый имеет право отказаться от Манту, так как, по общему правилу, противотуберкулёзная помощь оказывается гражданам при наличии их информированного добровольного согласия на медицинское вмешательство (ст. 7 Федерального закона от 18.06.2001 N 77-ФЗ «О предупреждении распространения туберкулеза в Российской Федерации»)
Если ваш ребёнок посещает (или собирается посещать) детское образовательное учреждение - то вам необходимо предоставить заключение о состоянии здоровья от врача фтизиатра. Данное положение содержится в ст. 5.7 Постановления главного государственного санитарного врача РФ от 22.10.2013 N 60 «Профилактика туберкулёза».
Интернет переполнен сообщениями о том, что данное заключение не имеют права требовать. Однако, Верховный суд окончательно подтверждает законность и обоснованность данного требования (Решение Верховного Суда РФ от 17.02.2015 N АКПИ14-1454 «Об отказе в удовлетворении заявления о признании недействующими пункта 1.3 и абзаца второго пункта 5.7 Санитарно-эпидемиологических правил СП 3.1.2.3114-13 «Профилактика туберкулеза», утв. Постановлением Главного государственного санитарного врача РФ от 22.10.2013 N 60»)
Требование фтизиатра пройти флюорографию (рентген) обоснованно только при наличии следующего условия: врач должен выдать направление на рентген, в котором обосновать и поставить предварительный диагноз (ст. 5.4 Методических рекомендаций от 06.02.2004г. N11-2/4-09 «Защита населения при назначении и проведении рентгенодиагностических исследований»). Кроме этого, согласно ст. 5.5 вышеуказанных рекомендаций, «при назначении РЛИ лечащий врач должен руководствоваться следующими положениями:
а) данными клинического обследования;
б) лабораторными анализами;
в) историей болезни.» Если данные положения не соблюдены - вы вправе озвучить это и в зависимости от ситуации или договориться о том варианте диагностики, который вас устроит, или писать жалобу руководству лечебного учреждения с требованием решить ваш вопрос.
Дополнительно стоит отметить, что п. 3 ст. 17 Федерального закона от 09.01.1996 N 3-ФЗ «О радиационной безопасности населения» гласит: «Гражданин (пациент) имеет право отказаться от медицинских рентгенорадиологических процедур, за исключением профилактических исследований, проводимых в целях выявления заболеваний, опасных в эпидемиологическом отношении». А это значит, что по сути «исключение» станет твёрдым правилом для врача фтизиатра при назначении рентген исследований.
Помимо иммунодиагностики и рентгенодиагностики есть дополнительные методы диагностики. Например, Федеральные клинические рекомендациям по диагностике и лечению латентной туберкулезной инфекции у детей 2015г., предусматривают:
Ст.5.1.1 «выявление общих жалоб»
Ст.5.1.2 «сбор анамнеза»
Ст.5.1.3 «объективный осмотр»
Ст.5.1.4 «общий анализ крови»
Ст.5.1.5 «общий анализ мочи»
Нигде не прописано как эти методы должны применяться: в совокупности или раздельно. Поэтому можно попробовать найти дружественного фтизиатра и при обращении к нему указать на данные правила. Вышеуказанные правила распространяются на всех. Иных норм пока законодатель не принял.
Но: никакие дополнительные платные мед услуги, никакие распоряжения врача поликлиники и прочие выдумки не должны встречаться вам на пути.
Что делать, если столкнулись с нестандартной ситуацией, на которую выше ответа не дано?! Писать!!! Однозначно. Или нам или самостоятельно - сначала начальнику медицинского учреждения, а далее можно подключить Прокуратуру и Росздравнадзор с целью восстановить нарушенные права.