Помогите советом насчет гражданства РФ

Сестра оказалась в неприятной ситуации. Она, в прошлом гражданка Казахстана, в 2003 году вышла замуж за гражданина РФ. Подала документы на гражданство по упрощенке в том же году, а в конце 2004 получила паспорт. Паспорт выдали без всякой справки о гражданстве. Все делалось легально по всем правилам.

Теперь пришел срок менять документы. Пришла в паспортный, а ей там говорят, пишите объяснительную, так как у нас в архивах на вас ничего нет, может вы нелегально паспорт получили. К слову, архив передавали другому паспортному, скорее всего документы потеряли.

Что делать? Как доказать правду? Как ей не остаться крайней в данной ситуации? Может сразу жаловаться куда-нибудь или иск подавать на них? С чего начать?

Всем заранее спасибо, кто откликнется.