К чему нужно быть готовым, если думаешь поехать на Крит с маленькими детьми (в моем случае - 2 и 4 года) в апартаменты и на срок больше недели. 
Дальше я расскажу, в каких местах лучше отдыхать с малышами на Крите и куда с ними можно скататься, если взять машину. Но сначала общие соображения.
1) Несмотря на обещания турфирм, Крит сам по себе совершенно не приспособлен для отдыха детей примерно от 2 до 7 лет. То есть того возраста, когда детям очень нужны площадки для игр и хоть какие-то развлечения, кроме песка и лопатки, а монастыри и ущелья пока не интересны. Детских площадок тут по пальцам сосчитать и только в более-менее крупных городках: несколько в Ханье (в центре Ханьи), мало в Ретимно, одна в Георгиуполи, больше вообще не видели. В остальных местах, в лучшем случае можно найти детские уголки при тавернах, так что погулять с ребенком, не сходив в ресторан, не возможно.
Поэтому, планируя поездку, надо искать отель или апартаменты, где эта площадка предусмотрена. Ну или смириться с ежевечерними походами на ужин в один и тот же ресторан.
2) Если арендуете апартаменты, чтобы готовить самостоятельно, - на Крите это почти бессмысленно. Во-первых, мясо и рыба в деревенских магазинах только замороженные и по цене сопоставимы с готовыми в ресторане. Во-вторых, весь сервис Крита построен таким образом, чтобы турист как можно больше ел вне дома. Хочешь шезлонг - закажи хотя бы напиток, хочешь зонт - два напитка, хочешь ребенка развлечь - иди в ресторан (уже говорила), так что готовить остается только завтрак.
3) Если вы не сможете взять на прокат машину - не надо ехать в деревни Крита на срок больше недели. В Ханью или Ретимно можно, в остальных местах умрете от скуки. Аренда машин тут недорогая и необходимая вещь. Автобусные экскурсии неоправданно дороги, экскурсий на корабликах мало и они еще дороже, такси стоит баснословных денег (поездка на такси примерно 30 минут стоит как аренда авто на целый день). А вот ездить на арендованном авто приятно - дороги хорошего качества, хоть и с серпантином, но не сложным.
О том, где лучше отдыхать.
Если нужно красивое море "от края до края" - это Ретимно, Ханья или Херсониссос. Но там будут ветра и волны, временами очень сильные, иногда не по силам для детей.
В Георгиуполи море красивое с широкой полосой "лягушатника" - вдоль песчаного пляжа мелкое и пологое дно, до глубины нужно идти довольно долго. К 6 вечера вода теплая, как в ванне. Сильных волн нет.
Если нужно всегда спокойное море - есть вариант бухты. На Крите много деревушек, у которых пляжи спрятаны в бухточках. Там спокойная, чистая вода при любой погоде. В одной из таких деревень - Бали - мы и останавливались. Там четыре бухты: есть с песком, есть с галькой, большие и укромные. Мы ходили в третью бухту - вдоль берега достаточно мелко, чтобы дети сами заходили, но и взрослым до глубины быстро дойти можно. И вода в 10х числах июня была уже теплой.
Куда можно поехать с маленькими детьми на машине.
Если в аквапарки детям еще рано - можно съездить в Star Beach в Ираклионе. Там большой детский бассейн с разнообразными водными горками, грибками и т.п. для самых маленьких. Вход бесплатный, платите только за комплект 2 шезлонга плюс зонтик - 8 евро. На территории вкусный ресторан, чтобы пообедать в прохладе.
В Ретимно есть младший брат Star Beach под названием Baja Beach. Здесь маленький детский бассейн, зато есть большая детская площадка на траве с кучей игрушек и аниматором, который будет развлекать ваших детей, пока вы отдыхаете. Аниматор приходит около 12 часов дня, сам Baja открыт с 10. Тут прекрасный пляж с белым песочком и музыка.
В деревушке Гувес есть океанариум. Он не сильно впечатляет, но приятно провести часок там можно. В 2 минутах оттуда, если ехать вдоль моря, есть таверна Амброзия с большой интересной детской зоной. Возле океанариума есть указатели, как туда проехать.
От Гувеса можно доехать до Лабиринта Минотавра, куда активно предлагают детские экскурсии. Это своего рода комплекс развлечений, где есть большой лабиринт в человеческий рост (там нужно выполнить задание, минут на 30-40, интересно), любопытная площадка для мини-гольфа, маленький лабиринт из камней, мини-зоопарк и еще пара развлечений за отдельную плату. Хорошо, но нужно планировать посещение после 5 вечера, когда жара спадет.
Прекрасное развлечение для детей - Homo Sapiens Museum. Он находится на плато Лассити, недалеко от Ираклиона вглубь материка и довольно высоко в горах - взрослым будет, что посмотреть по дороге. Музей супер интерактивный - все можно потрогать, попробовать.. по сравнению в с другими развлечениями для детей на Крите - просто Диснейленд)) 
На Крите много пещер, с детьми лучше всего поехать в Сфедони, в пещеру Зевса довольно тяжело добираться. Есть еще небольшая пещера Мелидони (недалеко от Бали вглубь материка) - если хочется просто составить представление и не тратить много времени.
От пещеры Мелидони удобно доехать до деревни гончаров Маргаритас - там множество магазинчиков с разнообразными яркими вещами из глины. Детям тоже понравится. Плюс можно в этих же лавках увидеть гончарный круг в работе.
В середине жаркого дня хорошо остановиться в деревушке Аргируполи - она находится в зеленом ущелье, выбирайте одну из больших таверн с водопадами, фонтанами и искусственными ручейками. Там бассейны с живой рыбой, арбузами и детские площадки. Наш ребенок ухитрился плюхнуться в бассейн с форелью, но никто не пострадал))
Если хочется хоть чуть-чуть походить по ущельям - самое доступное для прогулки с детьми ущелье Mali, там проложена тропа с красивыми мостиками и перилами, шумит ручей, пара полуразрушенных старых домов и мельниц. Есть площадки для отдыха и даже таверна, куда ж без нее..
Ну и самое красивое место, которое мы видели на Крите - пляж Элафониси. Он находится на юго-западе острова, примерно в полутора-двух часах езды от Ханьи по довольно узкому серпантину. Пляж славится розовым песком и лазоревой водой
Выезжать на Элафониси лучше сильно пораньше, можно позавтракать в одной из горных таверн по дороге, там очень красивые виды. Открываются они с 9 утра. На Элафониси часто бывают очень сильные ветра, просто сносит, в таком случае лучше пройти подальше, через мель на сам остров, там гораздо тише. Ну и обратно возвращаться до сумерек - вся дорога с узким серпантином не освещается.
Безусловно, стоит побродить по старому кварталу Ханьи вокруг пересечения улочек Chalidon и Zampeliou - очень колоритно. 
Главное в поездках на машине - рассчитывать маршрут так, чтобы не бродить по солнцепеку (с 12 до 17 дня). По этой причине в моем списке нет монастырей, Кносского дворца и минойских развалин (простите, исторических памятников) - там открытое солнце и детям будет бессмысленно тяжело.
Надеюсь, кому-нибудь это все поможет спланировать хорошую поездку!