klebsiella pneumoniae лечить или оставить как есть? 

Отказываться от антибиотиков и сдавать анализ на фагочувствительность, она у вас от антибиотиков и вылезла, было такое в позапрошлом году, лечила долго, пока не попала к нормальному доктору который прописал бактериофаги, через 10 дней все анализы были чистые

Сходите к гастроэнтерологу, наша, допустим, насчет одной бяки сказала, что у неё меняется чувствительность и если сейчас не показал к фагам, то потом может показать🤷🏼‍♀️и вообще я и читала и она сказала, что такое как правило не лечится антибиотиками... Я бы пошла ещё к врачам,мнение послушать и подобрать лечение

Вот лично мое субъективное мнение, что вы с вашим «врачом» залечиваете ребенка, тем более то, что и лечить то не надо. Атопич дерматит вещь оч специфическая, нужна влажность в помещении, не перегревать деть, использовать эмоленты. Иногда, по строгим показаниям можно применить кортикостеройды, если сильно чешется. Может быть накопительный эффект на продукт( например на молочку), но вы уже большие, хотя тоже возможно. Может быть аллергия на стиральный порошок и тд и тп. А вот под раздачу попала бедная-несчастная клебсиелла. Тем более, что информативность анализа под большим вопросом.

У вас не указано количество и какой рост. Сыпь и метеоризм может давать что, угодно. Моя врач бы точно не трогала ее( у нас была и мы не лечили) тем более антибиотиками, потом вылезет полный букет условно-патогенной флоры. Жаль, что б-фаги резистентны к ней.

Клебсиелла относится к кишечным бактериям и имеет полное право жить в кишечнике. С атопическим дерматитом она никак не связана, а, начав ее лечить антибиотиками, имеете шанс получить устойчивый к антибиотикам штамм.