В чем принципиальная разница

Принципиальной разницы нет, отличаются различным звуко - буквенным составом. Это как Наталья и Наталия, например, меня так зовут. Кому как больше нравится... Мне что Данил, что Даниил - совсем не по душе, особенно Даня, Данечка... Насчет Софьи - Софии. Второй вариант, однозначно, более мелодично звучит. Софья - грубовато. 

хочется чтоб красивое имя было и на слух и при написании.

девочки,почему сразу выпендриться??вот мы с мужем решили еще на 10-й неделе если девочка будет,то назовем ее София)значение одинаковое что Софья что София,но мы решили что именно София,т.к. Софья раздрожает,просто как кому нравится))))нам вообще больше нравится Софи))

Софья и ДанилА более ближе к России. Разные варианты одного имени)

да как родители решат))) есть ещё снежана и снежанна, 

Это просто разное написание одного и того же имени. Думаю, что вариант Данил вобще появился благодаря неграмотным паспортисткам (был простонародный вариант Данила, вот из него видимо Данил и появился). София - это церковный вариант имени, а Софья - более современный, светский. Как в своё время Татиана стала Татьяной.  

Многие говорят, что это разные имена. Я в этих вопросах не сильна и мне казалось всегда, что это совсем одно и тоже. Ну нет для меня разницы в именах Данил и Даниил, я думала, что правильно пишется Даниил, а называть можно и Данил и Данила. И София с Софьей то же самое (извините, кто с этим принципиально не согласен, я не знаток в этом вопросе).

Игра гормонов у мамы , не больше . Абсолютно одинаковые имена . Просто с тех пор , как разрешили родителям в свидетельстве записывать детей как им хочется , всем захотелось выделиться ((( Выпендриться точнее)

ТЕ,кто так называют,утверждают что это АБСОЛЮТНО разные имена)))))))))))Якобы Софья-СОня,а София-Софа.))) Но по мне-это одинаковые имена и все тут.Есть же НАталия и НАталья,но все они НАташи)И много таких примеров!

По поводу Даниила/Данилы/Данила ничего сказать не могу. Тут, видимо, кому какое звучание нравится. А по поводу Софии/Софьи... Ну вот на Украине есть имя София, уменьшительное Софа, Софийка (а не Соня, как в варианте с Софьей).