выбор имени

Мне кажется это как Наталья и наталия одно и тоже,сокращенно Наташа.

Сейчас это два разных имени. Софья исконно русское имя. Царевна Софья, помнится, была. 

Думаю это как Данил, Даниил и Данила.

я София и терпеть не могу когда меня Софьей зовут...София как то нежнее звучит,ну это мое мнение...

Софья - народная форма Софии. в православии нет Софьи, только София, в крещении София. в свидетельство записать можно по вкусу: или так, или сяк.

Конечно, это одно и то же имя, но в написании документов считаются разными именами. 

Знаю точно, что в рейтинге загсов они как рдно

А для вас Наталия и Наталья разные?/)

Для паспортного стола точно разные. А вообще посмотрите значение имен.