жена по паспарту, не дает общению с ребенком когда он сам хочет, быть с отцом.

Ребенок еще слишком маленький, чтобы решать, с кем ему быть и где ночевать. За него решает мама. Налаживайте с ней дружеские доверительные отношения, и она станет вам доверять больше

Вода камень точит. Вы же сами понимаете, что для ребенка будет лучше, если Вы наладите отношения. Если женщина не глупая и Вы будете стараться быть хорошим отцом, то и с ребенком будете видеться чаще.

А как же ты раньше, три года отказывал? Ребенок в 5,5 без твоей подачи, вряд ли изъявит желание ночевать. 

Ребенку и в 2-3-4 года нужно мужское воспитание, прогулки, помощь...А тебе скорее всего стало скучно и конечно сейчас интересно с ребенком в 5,5 разговаривать, общаться.... 

Сам маловероятно, что договоришься с его матерью, объясни ей что будешь действовать тогда через суд и опеку, если нет то придется обращаться в инстанции соответствующие.  Еще вариант, попробуй пообщаться с её родителями, объясни, покайся... 

Успехов. 

Что Вы вкладываете в понятие "мужское воспитание"? Как Вы участвуете в жизни ребенка? Помогаете ли финансово? Покупаете ли продукты, одежду ребенку? Как часто интересуетесь его состоянием, здоровьем, чем он занимался, что ему надо? Оплачиваете ли медицинские услуги? В каком режиме Вы готовы общаться с ребенком? Встретиться иногда, когда у Вас нет других занятий и поиграть, погулять? Или Вы готовы побыть с ребенком, например, когда он болеет, помочь жене, привезти лекарства, съездить к врачу? Семьи у Вас, к сожалению, уже нет. Тем, что Вы не живете вместе, Вы с женой уже нанесли ребенку травму (не говорю кто в этом виноват, но в том, что Вы только через три года осознали, что у Вас есть ребенок, — Ваша вина) и при таком раскладе Вы будете только приходящим папой, смиритесь с этой ролью, постарайтесь наладить отношения с женой и сделать максимум возможного для ребенка (именно для ребенка, а не для себя, чтобы занять свое свободное время и поставить "галочку" для себя или знакомых и родственников "какой я хороший папа").

Для начала в опеку по месту жительства ребёнка, если опеке не удастся установить порядок общения, тогда в суд.

попытайтесь с ней договориться, сколько раз в месяц вы встречаетесь с сыном. звоните по телефону, общайтесь с сыном. а если сын хочет ночевать с вами, просто объясняйте ему, что мама будет волноваться и не спать всю ночь, надо ночевать дома. а эта ревность скоро пройдет и отношения наладятся. просто сами подумайте, столько времени не уделяли времени ребенку, все заботы о ребенке несла мама, а потом вдруг появляется папа, к которому так тянется ребенок. просто переждите. все наладится.

Прощение приходит через расскаиние. Если уж заговорили про права, вспомните и про обязанности. Вы хоть одну бессонную ночь провели с ребенком, а болезнь хоть одну посидели с ним? 

Думаете это легко. Сейчас конечно легче, сын то подрос. 

Тут вам советуют в опеку обратится, ну вперед... Регулярный график вам встреч назначат, обязанности появяться, может хоть немного жену поймете. 

ну что сказать. это расплата за ошибки, и правда нужно было думать раньше.  Теперь завоевывайте доверие супруги .