Ну, почему, чтобы оформить что-то у нас в стране, нужно столько мучений!

Место жительства, место пребывания - это не город, в Вашем случае, Вы полагаете местом даже не муниципальное образование, а субъект федерации, а конкретное жилое (!) помещение, используемое для постоянного проживания (место жительства) или временного (место пребывания). Временность пребывания каким-либо сроком не ограничено (тут московские органы совершенно не правы, но фиг с ними), лишь свидетельствует об ограниченности прав лица на занимаемое жилое помещение. 

Если взять Ваш случай : зарегистрированы по месту жительства в разных квартирах, то законность нахождения в другом месте проживающего супруга в жилье, где он ночует, может быть объяснена только одним способом : пршел ночку переночевать, но это же вранье?

Толкование закона его употребителями в Москве весьма своеобразно и объясняется только тем, что порядка, установленного действующим законодательством, они навести не в состоянии, поэтому щипаются, как могут.

Почему такие законы - вопрос к законодателям, к тем, кого выбирали и выбирают в ГД, в законодательные органы субъекта, к Президенту.