Развитию кишечных колик способствуют и некоторые патологические состояния: аллергия к белкам коровьего молока, лактазная недостаточность и другие органические поражения желудочно-кишечного тракта. 
Аллергия на белок коровьего молока (АБКМ) — самый частый вид пищевой аллергии у детей грудного возраста и встречается у 2-7% малышей. АБКМ — это результат чрезмерной реакции иммунной системы на чужеродный белок.
Лактазная недостаточность – состояние, характеризующееся недостатком фермента лактазы, способствующей расщеплению молочного сахара – лактозы.
В этом случае пища переваривается не полностью, нарушается состав кишечной микрофлоры и в желудочно-кишечном тракте образуется избыточное количество газов. Однако такие колики не будут функциональными, т.е. «здоровыми», и ребёнок нуждается в комплексном лечении.
Чтобы справиться с коликами, необходимо определить, какая именно причина (или комплекс разных факторов), привели к их развитию. После этого можно пытаться устранить эти причины. Но самым первым шагом в лечении и профилактике колик является борьба с избыточным скоплением газов в кишечнике, которое лежит в основе развития болевого синдрома и плача малыша.