Дисбактериоз

Я не претендую на истину в первой инстанции. Но попробую проанализировать с вашего позволения. Для мамы очень часто тема питания ребенка очень волнительна. Многие очень переживают, что ребенок ест "недостаточно", "не получает достаточно питательных веществ", "плохо набирает". Да еще и родственники часто наседают. Вполне возможно, что у ребенка был какой-то период, когда он стал есть меньше, чем вам хотелось. Вообще у детей рост происходит рывками и в период активного роста еды им требуется больше, а в периоды затишья, дети часто кушают меньше и может создаваться впечатление, что они кушаю слишком мало или "вообще не едят". А бывает, что зубы лезут и тоже аппетит снижается. Я это хорошо вижу по своим детям.
Вы стали переживать и стали прибегать к ухищрениям в виде мультиков. Что, кстати, большая ошибка, т.к. приводит к нарушению пищевого поведения и обмена веществ. Никогда нельзя кормить насильно. Не ест ребенок - значит, не нужно ему). Ничего страшного в этом нет, не помрет от с голоду). В надежде накормить хоть чем-то вы стали больше предлагать то, что он кушать соглашается - сладкое. Это понятно, потому, что оно вкуснее. В результате ваш характерный парень стал отказываться от другой еды. Что, в свою очередь повлекло за собой некоторые проблемы, которые вас беспокоят.
Если не права, прошу меня простить. Я не доктор, поэтому вы имеете право меня не слушать. Просто написала свои мысли. По тому, что вы написали, мне кажется, что причина вашей проблемы в этом. А не в бактериях... Вам бы питание наладить.

Яна, анализ кала вообще неизвестно что высеивает. Просто потому, что состав бактерий в кале сильно отличается от этого состава в кишечнике. Поэтому нигде-нигде не исследуют для этого какашки. Какакшки имеет смысл исследовать только в случае имеющегося реального заболевания (подозрения на сальмонеллез, например), но при этом имеется очень яркая симптоматика (не пуки и газики). А так там может быть все, что угодно. Что-то могло быть проглочено ребенком, а потом вышло с какашками, а вы это случайно нашли.
Микрофлора человека - очень динамичная система, ее состав индивидуален и нет четких норм состава тех или иных организмов, их состав зависит от состояния, возраста, пола, климата, питания, и от много чего еще. Кстати, данные, полученные в разных часто лабораториях сильно различаются. То есть, если бы вы свои какашки отнесли еще куда-нибудь, вполне возможно, что вам там еще что-нибудь высеяли бы). Тот же стафилококк, которого у нас все повально боятся, отлично живет
Ну а так нашли "диагноз", создали видимость лечения - всем хорошо). Кто-то лечится водой, заряженной на концерте Пенкина, кто-то уринотерапией, а кто-то колдует над какашками... И, заметьте, всем помогает.
Если есть проблемы, то стоит искать причину - нарушение питания, например, болезни желудочно-кишечного тракта и ими заниматься. Бывают транзиторные состояния - такие, как колики у грудничков - это этапы формирования жкт. Про это тоже стоит помнить.
Про дисбактериоз здесь неплохо написано. Хороший совеременный научный взгляд.