Как уволить задним числом?

Сотрудник год пропадал, после письменных угроз об увольнении пришел, договорились что сам уволится)

так вот, как уволить правильно задним числом по соглашению сторон? надо чтобы были акты об отсутствии за это время или это только когда за прогул увольняют можно? брать объяснительную?